Gül bahçesine müze binası yapılmasına tepki gösteren Mevlana’nın 22'nci kuşaktan torunu Esin Çelebi Bayru, "Bu inşaat bizi çok üzüyor. Olmaması gereken bir bina ve inşaat. O binayı türbenin arkasında istimlak edilen alana yapabilirlerdi. Orada buldukları kemikler, ceddimizin kemikleri. Oralar zamanında aile büyüklerimizin defnedildiği yerler" dedi.
Bugün müze olarak kullanılmakta olan Mevlana Dergahı’nın yeri, Selçuklu Sarayı’nın Gül Bahçesi iken bahçe, Sultan Alaeddin Keykubad tarafından Mevlana’nın babası Sultanü’l-Ulema Bahaeddin Veled’e hediye edildi. Bahaeddin Veled, 12 Ocak 1231 tarihinde vefat edince türbedeki bugün ki yerine defnedildi. Ölümünün ardından sevenleri, Mevlana'ya, babasının mezarının üzerine türbe yapılmasını talep etti. Ancak Mevlana, “Gök kubbeden daha iyi türbe mi olur” diyerek bu isteği kabul etmedi. Mevlana, 17 Aralık 1273 yılında vefat edince, babasının yanına defneldi. Mevlana'nın oğlu Sultan Veled, Mevlana’nın mezarı üzerine türbe yaptırmak isteyenlerin isteklerini kabul edip, 'Kubbe-i Hadra' (Yeşil Kubbe) denilen türbe dört fil ayağı (kalın sütun) üzerine yaptırıldı.
Türbenin içerisinde ve dışarısında inşaat faaliyetleri yapılan eklemelerle 19’uncu yüzyılın sonlarına kadar devam etti. 1925 yılında da çıkan tekke, zaviye ve türbelerin kapatılması kanununun ardından Mevlana Dergahı, müzeye dönüştürüldü. Müzede, dönem dönem restorasyonlar gerçekleştirildi.
